菌群解析

服務簡介

生工主要開展的菌群分析業務有ARDRA、ATCLA 和 RAPD /Rep-PCR / ISSR 等分子標記方麵。脈衝場凝膠電 泳 （P F G E ， P u l s e d F i e l d G e l Electrophoresis）技術是 Schwartz 和Centor 在 1984 年發明的一種分離大分子DNA 的方法，通過電場方向不斷交替變換及合適的脈衝時間分離大於 25 kb 的大片段 DNA 分子的凝膠電泳技術，已經成為細 菌 分 型 的“金 標 準”。 ARDRA（Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis，核糖體 DNA 擴增片段限製性內切酶分析），即用 PCR 方法擴增不同混菌樣品的 16S rDNA 全序列或部分序列，選取一種切割片段數目適中的限製性內切酶進行酶切，並通過聚丙烯酰胺（或瓊脂糖）凝膠電泳分析樣品之間酶切圖譜的多態性。 ATCLA TA 克隆建庫分析（16S AT-clone Library Analysis）， PCR 方法擴增混菌樣總基因組DNA 的 16S rDNA 全序列或部分序列，用 TA 克隆方法建庫，挑選陽性克隆再 PCR 擴增單克隆 16S rDNA全序列或部分序列，可初步判斷混合菌群的菌種數量和各菌種的大致的百分比。RAPD/Rep-PCR/ISSR 等分子標記實驗，RAPD/Rep-PCR 獲得基因組DNA 指紋圖，通過分析比較電泳條帶，揭示基因組間的差異，該方法已廣泛應用於細菌、真菌、支原體等微生物的分型研究。 Rep-PCR目前可自動化分型，並可建立各種細菌REP、 ERIC - PCR 分型標準數據庫。

ISSR (inter-simple sequence repea t) 是Zietkeiwitcz 等於 1994 年發展起來的一種微衛星基礎上的分子標記即在 SSR 序列的 3' 端或 5' 端加上 2~4 個隨機核苷酸，在 PCR 反應中，錨定引物可引起特定位點退火，導致與錨定引物互補的間隔不太大的重複序列間DNA 片段進行PCR 擴增，與 RAPD 和 RFLP 相比， ISSR 揭示的多態性較高，可獲得幾倍於 RAPD 的信息量。目前，ISSR 標記已廣泛應用於植物品種鑒定、遺傳作圖、基因定位、遺傳多樣性、進化及分子生態學研究中。